José Viana da Mota nasceu em São Tomé e Príncipe, a 22 de abril de 1868. Era filho de José António Viana da Mota, farmacêutico e músico amador, e de Inês de Almeida e Mota. Reconhecendo o grande talento que o filho demonstrava, em 1874, o seu pai levou-o a uma audição na Corte. Com apenas 6 anos impressionou de tal forma os monarcas portugueses que logo o colocaram sob a sua proteção.
Concluído o curso no Conservatório de Lisboa em 1882, prosseguiu os estudos em Berlim, onde teve como professores Xaver Scharwenka e Carl Schaeffer. Em 1885 passou uma temporada em Weimar, tendo sido um dos últimos alunos de Frank Liszt. Em 1887 frequentou o curso de interpretação de Hans von Büllow.
A partir de 1900 dedicou-se ao ensino, sobretudo em Berlim, onde fixou residência, porém, o eclodir da I Guerra Mundial levou-o a mudar-se para Genebra onde lecionou na Escola de Superior de Música.
Em 1917 regressou definitivamente a Portugal, tendo assumido a direção do Conservatório de Música de Lisboa, cargo que ocupou até 1938. Nesta instituição foi um dos autores das reformas de 1919 e de 1930, sendo, em 1936, nomeado presidente da comissão encarregue das novas secções de música e de teatro. Entre 1918 e 1920 assumiu também a Direção Musical da Orquestra Sinfónica de Lisboa e fundou, em 1917, a Sociedade de Concertos de Lisboa.
